做 Western blot实验时，很多人一打开配胶公式就犯难：

“我到底该配 8% 还是 15%的胶？”
“12%的胶是不是分得更清楚？”

其实，SDS-PAGE 凝胶浓度的选择没那么难，核心逻辑只有一句：

大蛋白用低浓度胶，小蛋白用高浓度胶。

因为凝胶浓度越高，网孔越小；浓度越低，网孔越大。蛋白在凝胶里跑，本质上就是在“穿网眼”——大分子需要大网眼，小分子则需要更密的网眼来拉开差距。

如果你只想快速选胶，可以先按照下面这个思路：

· 8% 胶偏向大分子蛋白；

· 10% 胶中大分子蛋白，很常用；

· 12% 胶中小分子蛋白，万能选择；

· 15% 胶小分子蛋白。

也可以这样记：

目标蛋白 > 100 kDa：优先考虑 8%

目标蛋白 50–100 kDa：优先考虑 10%

目标蛋白 20–70 kDa：优先考虑 12%

目标蛋白 < 30 kDa：优先考虑 15%

当然，这不是绝对边界。比如 70 kDa 的蛋白，10% 和 12% 都可以；30 kDa 的蛋白，12% 和 15% 也都能跑。区别主要在于：你更想让哪一段分子量区间分得更开。

一个经常被忽略的问题：你想看“目标带”，还是想看“全局分离”？

选胶浓度时，不只是看目标蛋白大小，还要看你的目的。

如果你只是为了确认“有没有表达出 55 kDa 的目标蛋白”，12% 胶一般足够。

但如果你的目的是区分：

· 全长蛋白和截短蛋白；

· 磷酸化前后的轻微迁移差异；

· 单体、二聚体和降解产物；

· 20 kDa 与 25 kDa 的两个近邻条带；

那就要更有针对性地选浓度，甚至需要考虑梯度胶、延长电泳时间或更换 Tris-Tricine 体系。

举两个例子：

1.你的目标蛋白是 120 kDa，同时你还关心一个 35 kDa 的降解条带。单一 8% 胶能让 120 kDa 跑得不错，但 35 kDa 可能分不开；这时可考虑 梯度胶。

2.你的目标蛋白是 12 kDa，但总是跑到胶底、甚至接近跑出胶。这时 15% 胶会比 12% 胶更合适；如果仍不理想，可以考虑更高浓度胶或 Tris-Tricine SDS-PAGE。

梯度胶什么时候更合适？

当需要同时看大蛋白和小蛋白时，梯度胶往往比固定浓度胶更省心。

比如 4–20% 这样的梯度胶，网孔从上到下逐渐变小：

· 上部网孔大，方便大蛋白进入；

· 下部网孔小，有利于小蛋白拉开；

· 一个胶上可以兼顾比较宽的分子量范围。

它尤其适合：

· 样品成分复杂；

· 不知道目标蛋白实际大小；

· 同时检测多个不同大小的目标；

· 既要看全长蛋白，也要看小片段或降解产物；

· 想先做探索性实验，再决定后续固定胶浓度。

不过，梯度胶也不是必须的。对于明确知道目标蛋白大小、只关注一个范围的常规实验，固定浓度胶通常更便宜、更稳定，也更容易自己配。

别只盯着分离胶：浓缩胶也很关键

很多人会问：“分离胶我选了 12%，为什么条带还是歪、宽、拖尾？”

这不一定是分离胶浓度的问题，也可能出在浓缩胶或上样环节。

常规 SDS-PAGE 中，浓缩胶的作用是先把样品压缩成一条很窄的起跑线。常见浓缩胶浓度大约是 4%–5%。

如果浓缩效果不好，后面分离胶再合适，条带也可能不好看。

常见原因包括：

· 上样量过多；

· 样品盐浓度过高；

· DNA 太多，样品黏稠；

· 没有充分变性或还原；

· 凝胶聚合不均匀；

· 电压过高导致发热；

· 蛋白本身发生聚集或降解。

所以，看到条带不好时，别急着把 12% 改成 15%。先判断问题到底是“分不开”，还是“样品本身没有处理好”

最后总结一下就是：

大蛋白跑不动：降低胶浓度

小蛋白跑太快：提高胶浓度

中等大小拿不准：先用 12%

既有大蛋白又有小蛋白：考虑梯度胶